Un habitat particolarmente fragile, che difficilmente viene notato dal grande pubblico, si trova sottoterra. Le grotte naturali e gli ecosistemi dipendenti dalle acque sotterranee ospitano una moltitudine di specie, che richiedono condizioni ambientali costanti. Anche i piccoli impatti legati alla presenza dell’uomo possono avere effetti dannosi sulla biodiversità dell'habitat sotterraneo, che talvolta possono essere irreversibili. Questo può avere gravi conseguenze, perché le grotte sono un accesso naturale al sistema carsico e alle falde acquifere, che sono di grande importanza per l'approvvigionamento idrico. Gli impatti degli esseri umani possono portare a un completo cambiamento dei biofilm naturali, che consistono in una moltitudine di microrganismi appositamente adattati.
Tra le grotte di tutto il mondo possiamo distinguere due diversi grandi ecosistemi. Ci sono grotte nelle zone temperate, dove, oltre all'oscurità e un'umidità elevata, troviamo temperature basse scarsa risorsa trofica. Nelle zone tropicali ci sono invece giganteschi sistemi di grotte caratterizzati da temperature calde e abbondanti quantità di cibo.
In superficie, le piante producono carboidrati attraverso la fotosintesi, grazie a luce solare, acqua e CO2. Esse costituiscono il cibo degli erbivori, che a loro volta sono mangiati dai predatori. Le Feci e le carcasse vengono decomposte in minerali da decompositori come funghi o batteri e questi minerali vengono nuovamente assorbiti dalle piante.
Quindi, come funziona questo circuito nelle caverne, dove mancano le piante? L'unica fonte di materiale vegetale in grotta proviene dalla superficie. Viene regolarmente trasportato da acqua, aria e animali. Feci e animali morti vengono decomposti da funghi, animali e batteri, tuttavia, i nutrienti liberati in questo modo non vengono assorbiti dalle piante. Il sistema non è totalmente autonomo, dipende in buona parte dall'input dall'esterno. Se questo input viene a mancare, l'intero ecosistema di grotta potrebbe crollare.
In condizioni naturali, le piante non possono sopravvivere nelle caverne, poiché manca la luce solare come fonte di energia. Nelle grotte turistiche si può formare la cosiddetta "Lampenflora", una comunità specializzata di organismi fotosintetizzanti, che è in grado di prosperare sulla luce artificiale come fonte di energia. La comunità consiste principalmente di alghe, muschi o felci, che all’aperto preferiscono nicchie ombrose, e le cui spore possono essere trasportate nella grotta da visitatori, acqua o correnti d'aria.
Tali organismi all'interno delle caverne bloccano la loro fotosintesi durante l'inverno, se la grotta è chiusa ai visitatori e quindi non c'è luce disponibile. Sono in grado di sopravvivere quasi mezzo anno senza luce. Le piante con spore hanno una diversa composizione della loro clorofilla dalle piante da fiore. Sono meglio adattate alle condizioni di scarsa illuminazione e alla mancanza prolungata di luce, consentendo una maggiore sopravvivenza nell'oscurità. Il criterio più importante, tuttavia, è l'umidità più o meno costante intorno al 100%, anche in inverno. Questo offre condizioni di vita perfette per la lampenflora, e quindi una base alimentare allargata per una moltitudine di altri animali.